需留意的患病征兆与后遗症
征兆
新生儿得到肠病毒的感染可能临床上无症状，呈现良性的病程，但也可能造成严重致命的病症。经由病史的询问，约有59%~68%的母亲在刚好要生产时有一些轻微病毒感染的症状，如发烧、呼吸道或肠胃道的症状。
新生儿可能在出生的第一天就出现症状，临床征候与一般幼儿不同，通常是非专一性的症状，包括发烧或体温过低、躁动不安、倦怠、厌食、黄疸、腹胀、呕吐、腹泻等。这时最好立即就医，因为这样的临床表现可能是感染病原所导致，一定要请儿科医师诊治。
如果新生儿被肠病毒感染了，一般来说不会像幼儿得肠病毒一样，出现咽峡炎或手足口病的症状。可能会出现呼吸道的症状，如呼吸加速、咳嗽、流鼻涕、胸部凹陷甚至呼吸中止。若同时合并有皮疹的出现，则较符合病毒感染的诊断。
并发症
严重的并发症只发生在少数新生儿身上，特别是出生后2周以内的宝宝。严重的并发症包括败血症、脑膜脑炎、心肌炎、肺炎、肝炎和凝血病变等。
脑炎
临床上若是有脑炎的并发症，则会有极度倦怠、意识障碍、抽搐，局部的神经学上不正常症状也可能发生，有时也会有明显的颈部僵硬的情况。
心肌炎
心肌炎则通常会出现呼吸困难、苍白、发绀、呕吐的症状。刚开始可能会误以为是肺炎，但接下来会出现明显的心跳过速、心脏扩大、脉搏不稳，而后快速演变成心力衰竭、休克、甚至死亡。
肝炎
新生儿肠病毒最严重的并发症之一就是肝炎，以黄疸、肝脏肿大、血中肝脏酵素增加、血中胆红素增加为主，且通常会合并血小板低下和血液凝血时间延长。若是一旦发生了急性大量的肝脏细胞坏死，随后会出现肝脏衰竭、流血不止、肾脏衰竭等状况，此外，若合并颅内出血可能会造成致命的疾病。
其他并发症
偶尔也有一些其他不常见的并发症，如坏死性肠炎、肌肉炎和血球吞噬症候群等。研究发现，新生儿得肠病毒感染的死亡率差异相当大，可自0%到83%，通常同时合并数种并发症时会造成死亡率大幅增高。但新生儿肠病毒感染的并发症，只要救治得当，一般来说预后良好。对于部分肝炎患儿，如果出现肝功能失调的情形，则这种情况会持续到幼儿时期，但是大部分患儿的肝功能终究是会恢复正常的。至于新生儿神经学上的并发症预后则难以预测，如只是单纯的无菌性脑膜炎，一般来说预后良好，但若是严重的脑炎，则有可能会有智力降低和运动障碍等长期的后遗症。
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