3大治疗方法
新生儿若得到疑似肠病毒的感染后，一般需要住院做进一步诊断，并针对其他可能的细菌与病毒感染给予经验治疗，因为新生儿肠病毒感染的症状是不具有专一性的。
支持性疗法
大部分的患儿均采取支持性疗法，不需给予特别的药物，不过有时严重的疾病可能会需要用到呼吸照顾、心血管药物或血液成分的治疗。
pleconaril化合物
过去曾有人用一种化合物pleconaril来治疗肠病毒的感染，但此药物用于治疗新生儿与幼儿肠病毒感染的经验仍不多，因为此药物在新生儿的药物动力学、安全性与效用等方面都还有待检验，目前仍属实验性的药物。
静脉注射免疫球蛋白
静脉注射免疫球蛋白曾被用于治疗新生儿肠病毒感染，主要理论依据是基于免疫球蛋白含有许多不同血清型的抗体，可提供有症状感染的患儿所需的血清型专一性的抗体。缺乏中和抗体，是造成新生儿肠病毒感染的危险因子之一。
但是，由于过去研究的规模不大且受限于研究的方式，以致无法对静脉注射免疫球蛋白用于治疗新生儿肠病毒感染的效用有一致的结论。
预防之道
养成良好卫生习惯
目前，非小儿麻痹病毒的肠病毒是没有疫苗可用来预防感染的，良好的个人卫生习惯是防止肠病毒传播的最基本方法。特别是洗手，可以阻断肠病毒在家庭、幼儿园、学校以及医院婴儿室内经由粪口、飞沫、接触等途径的传播。尤其是新生儿出生后，照护者更应该加强个人卫生习惯。
孕妇避免接触患者
怀孕的妇女在接近生产时应避免与有可能得肠病毒感染的患儿接触。产妇在生产前后，如有发烧、上呼吸道感染、胃肠道感染等症状，应该在接触婴儿前后勤洗手，戴口罩，也应该注意观察新生儿的体温及活力表现。
鼓励哺育母乳
健康的孕产妇及新生儿，出生后尽可能在24小时内母婴同室，并注意个人卫生，勤洗手，学习观察新生儿的表现，避免不必要访客。当婴儿有不明原因的发烧、精神活力变差时，立即请儿科医师诊治。曾接触到发烧或肠病毒感染的患者，应主动告知医师。
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