肠病毒在分类上属微小病毒科，肠病毒属，人类肠病毒种。含单股核糖核酸的病毒，有超过60种以上不同的血清型，传统上，基于肠病毒在组织细胞中的复制与动物模式可分为小儿麻痹病毒与人类肠病毒A、B、C、D等五大类。新生儿受到肠病毒的感染导致重症，主要是非小儿麻痹病毒的肠病毒引起的，以柯萨奇B型病毒、伊科病毒为主。
生产过程垂直感染 很多新生儿受到肠病毒的感染被认为是经由生产过程中接受到母亲的血液或生殖道的分泌物，或生产后接触到母亲口咽分泌物或暴露的粪便所致。
子宫内被感染 也有不少肠病毒感染新生儿是在出生后的几个小时内就发病，那么肠病毒感染可能是胎儿在子宫内就发生了。通过生产后自羊水培养出肠病毒、在新生儿的组织检测到肠病毒的抗原，以及新生儿出生第一天就可自血清中检验出中和抗体，都支持了这种可能性的存在。
来自于家族成员 肠病毒曾经从怀孕妇女与受到肠病毒感染的新生儿母亲的喉头、肛门、子宫颈拭子(Cervical swab)等检体培养出来，也有高比例的肠病毒被从家族其他的成员中培养出来，如兄弟姐妹或父亲。
经由胎盘传导 另外肠病毒曾自胎盘培养出，这表示子宫内的感染是经由胎盘传导的。肠病毒可自怀孕妇女的粪便或子宫颈分泌出来，与肠病毒可在羊水中生长这些发现也都显示上行性感染的可能性。基于病毒血症与临床症状都是出生后一两天发生的，曾有报告估计大约22%致死的新生儿是由柯萨奇B型病毒的感染，11%的伊科病毒的感染都是在子宫内就得到的。
需留意的患病征兆与后遗症
新生儿得到肠病毒的感染可能临床上无症状，呈现良性的病程，但也可能造成严重致命的病症。经由病史的询问，约有59%~68%的母亲在刚好要生产时有一些轻微病毒感染的症状，如发烧、呼吸道或肠胃道的症状。
新生儿可能在出生的第一天就出现症状，临床征候与一般幼儿不同，通常是非专一性的症状，包括发烧或体温过低、躁动不安、倦怠、厌食、黄疸、腹胀、呕吐、腹泻等。这时最好立即就医，因为这样的临床表现可能是感染病原所导致，一定要请儿科医师诊治。
如果新生儿被肠病毒感染了，一般来说不会像幼儿得肠病毒一样，出现咽峡炎或手足口病的症状。可能会出现呼吸道的症状，如呼吸加速、咳嗽、流鼻涕、胸部凹陷甚至呼吸中止。若同时合并有皮疹的出现，则较符合病毒感染的诊断。
严重的并发症只发生在少数新生儿身上，特别是出生后2周以内的宝宝。严重的并发症包括败血症、脑膜脑炎、心肌炎、肺炎、肝炎和凝血病变等。
脑炎 临床上若是有脑炎的并发症，则会有极度倦怠、意识障碍、抽搐，局部的神经学上不正常症状也可能发生，有时也会有明显的颈部僵硬的情况。
心肌炎 心肌炎则通常会出现呼吸困难、苍白、发绀、呕吐的症状。刚开始可能会误以为是肺炎，但接下来会出现明显的心跳过速、心脏扩大、脉搏不稳，而后快速演变成心力衰竭、休克、甚至死亡。
肝炎 新生儿肠病毒最严重的并发症之一就是肝炎，以黄疸、肝脏肿大、血中肝脏酵素增加、血中胆红素增加为主，且通常会合并血小板低下和血液凝血时间延长。若是一旦发生了急性大量的肝脏细胞坏死，随后会出现肝脏衰竭、流血不止、肾脏衰竭等状况，此外，若合并颅内出血可能会造成致命的疾病。
其他并发症 偶尔也有一些其他不常见的并发症，如坏死性肠炎、肌肉炎和血球吞噬症候群等。研究发现，新生儿得肠病毒感染的死亡率差异相当大，可自0%到83%，通常同时合并数种并发症时会造成死亡率大幅增高。但新生儿肠病毒感染的并发症，只要救治得当，一般来说预后良好。对于部分肝炎患儿，如果出现肝功能失调的情形，则这种情况会持续到幼儿时期，但是大部分患儿的肝功能终究是会恢复正常的。至于新生儿神经学上的并发症预后则难以预测，如只是单纯的无菌性脑膜炎，一般来说预后良好，但若是严重的脑炎，则有可能会有智力降低和运动障碍等长期的后遗症。
新生儿若得到疑似肠病毒的感染后，一般需要住院做进一步诊断，并针对其他可能的细菌与病毒感染给予经验治疗，因为新生儿肠病毒感染的症状是不具有专一性的。
支持性疗法 大部分的患儿均采取支持性疗法，不需给予特别的药物，不过有时严重的疾病可能会需要用到呼吸照顾、心血管药物或血液成分的治疗。
pleconaril化合物 过去曾有人用一种化合物pleconaril来治疗肠病毒的感染，但此药物用于治疗新生儿与幼儿肠病毒感染的经验仍不多，因为此药物在新生儿的药物动力学、安全性与效用等方面都还有待检验，目前仍属实验性的药物。
静脉注射免疫球蛋白 静脉注射免疫球蛋白曾被用于治疗新生儿肠病毒感染，主要理论依据是基于免疫球蛋白含有许多不同血清型的抗体，可提供有症状感染的患儿所需的血清型专一性的抗体。缺乏中和抗体，是造成新生儿肠病毒感染的危险因子之一。
但是，由于过去研究的规模不大且受限于研究的方式，以致无法对静脉注射免疫球蛋白用于治疗新生儿肠病毒感染的效用有一致的结论。
养成良好卫生习惯 目前，非小儿麻痹病毒的肠病毒是没有疫苗可用来预防感染的，良好的个人卫生习惯是防止肠病毒传播的最基本方法。特别是洗手，可以阻断肠病毒在家庭、幼儿园、学校以及医院婴儿室内经由粪口、飞沫、接触等途径的传播。尤其是新生儿出生后，照护者更应该加强个人卫生习惯。
孕妇避免接触患者 怀孕的妇女在接近生产时应避免与有可能得肠病毒感染的患儿接触。产妇在生产前后，如有发烧、上呼吸道感染、胃肠道感染等症状，应该在接触婴儿前后勤洗手，戴口罩，也应该注意观察新生儿的体温及活力表现。
鼓励哺育母乳 健康的孕产妇及新生儿，出生后尽可能在24小时内母婴同室，并注意个人卫生，勤洗手，学习观察新生儿的表现，避免不必要访客。当婴儿有不明原因的发烧、精神活力变差时，立即请儿科医师诊治。曾接触到发烧或肠病毒感染的患者，应主动告知医师。
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