卫生防疫部门的解释认为，不管是进口还是国产疫苗，都经过国家检验合格，安全有效。价格上的差异在于进口疫苗和国产疫苗毒株及其培养工艺不同，以及由此引起的产生抗体数量的多少，防疫时间的长短，副反应的大小等方面的区别。
区别-国产疫苗价格便宜 进口疫苗副作用小
国产疫苗是减毒活疫苗(OPV)，优点是使用方便，95%以上的接种者产生长期免疫，并可在肠道内产生特异性抗体sIgA，使接触者亦可获得免疫效果;但由于是活病毒，如果用在免疫功能缺陷或免疫抑制剂治疗的宝宝身上，会引起瘫痪。
进口疫苗是灭活疫苗(IPV)，优点是安全，一般用于免疫功能缺陷者及其家庭成员，也可用于接受免疫抑制剂治疗者;但价格较昂贵，免疫维持时间较短，且需要重复注射，肠道不能产生局部免疫能力。
目前，国产疫苗和进口疫苗都通过了国家卫生部门的严格检查，生产线都是按照GMP要求，由国家医药监督管理局批准生产。人们可以根据自己的经济承受能力选择使用。
以肝炎疫苗为例比较进口疫苗和国产疫苗的差别
肝炎疫苗，国产每支价格在17元左右，而进口的儿童肝炎疫苗价格达到了284元。由于这两种疫苗的制备方法不一样，所以产生的免疫机制不完全相同。
进口疫苗是灭活疫苗，俗称死疫苗，注射人体后产生甲肝的保护性抗体，甲肝病毒侵袭时可防止发病，但产生细胞免疫的作用很差。
国产的疫苗是减毒活疫苗，既可产生甲肝的保护性抗体，又可增强细胞免疫的活化、识别、吞噬等能力。我国苏州地区从1993年起连续3年使用国产甲肝疫苗，对中小学生与学龄前儿童进行大规模预防注射，甲型肝炎的发病率从免疫前的71.6/10万下降到1996年的11.3/10万。国产甲肝疫苗如果接种二次(间隔6或12个月再注射一次)，保护性抗体的阴性率达100%。从以上事实说明，国产甲肝疫苗效果不比进口甲肝疫苗差。
以百白破疫苗为例，比较进口疫苗和国产疫苗的差别
相同点：
1、均可有效预防儿童百白破、自喉、破伤风疾病;
2、免疫程序(针次、间隔时间、接种剂量〉相同;
3、有效抗原(PT、FRA、DT、TT)相同。
不同点：
1、国产疫苗采用的是全细胞百白破疫苗，全细胞百白破疫苗副作用比较大，除了必要的有效成份外，还含有多种引起副反应的有害成份，如脂多糖等，预防接种后副反应较多、较严重，如发热、烦躁不安、嗜睡、呕吐等，给儿童的日常生活带来苦恼，曾有极为罕见的脑神经病变的病例报导。优点是属于国家福利疫苗。
2、进口疫苗采用的是无细胞疫苗，无细胞百白破疫苗在配制时，去除了百日咳全菌体疫苗中的有害成份(如脂多糖等)，保持免疫效果的同时，降低了严重的反应，所以更安全。缺点是会收取一定费用，有些进口疫苗的价格比较昂贵。
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