导致剖宫产切口感染的病原微生物分为术前、术中和术后微生物的入侵。
术前病原微生物的入侵
术前病原微生物的入侵得以论证主要是伴有胎膜早破或宫口已开的部分产妇。尽管伴有胎膜早破或宫口已开的产妇真正表现为临床感染症状的比例并不高（可能与术后常规使用抗生素有关），但研究发现其胎盘、胎膜组织通过PCR可以检测到病原微生物的存在，说明存在感染发生的可能，其产妇可诊断为亚临床感染。伴有胎膜早破或官口已开的产妇因为宫内感染，使术后感染的比例大大增加。现代观点认为，破膜12小时以上应预防性应用抗生素。不论手术时间长短，只要胎膜早破或宫口已开的产妇均应尽早使用抗生素，减少亚临床感染转为临床感染的机会。
术后病原微生物的入侵
术后病原体的入侵主要在术后2～3天，细菌可由切口以及缝线通道侵入，肥胖、切口有渗液的产妇尤其要注意。因此，手术后要反复更换敷料，清洁切口，注意无菌观念。如有切口感染的征象或手术时间过长，及时使用抗生素预防感染
术中病原微生物的入侵
随着现代科技的发展，手术室的条件和装备不断完善，层流手术室的出现更是明显减低了术后切口感染的机会。但先进的设备并没有完全阻断空气病原微生物的传播。在一项对手术室的空气、器械以及工作人员的研究中发现，即使在一流装备的三级医院也有死角，存在导致感染的病原微生物。而直接与患者接触的手术器械不符合标准的在一、二级医院也是一个重要的隐患。手术室的管理对于减少术后切口感染是一至关重要的影响因素，减少人员出入，尽量避免参观、说话，彻底清洁器械的残存物等都是降低切口感染的重要措施。医疗技术的迅猛发展，许多新的产品不断更新，医护人员洗手液也是层出不穷，但并没有杜绝切口感染从手传播的渠道。不符合标准的医护人员手在一级医院依然存在。因此，无论手术室的装备怎样标准，洗手液的灭菌效果怎样好，都不可替代严格的无菌技术、轻柔细致的手术操作。因此可看出在剖宫产切口感染中，手术室空气、器械病原微生物的存在是不容忽视的因素，工作人员无菌观念的淡漠更是必须加强的环节。
如上所述，剖宫产手术术后切口感染的原因主要为一方面是胎膜早破或宫口已开的产妇，因生殖道正常菌群改变造成细菌向官腔蔓延，容易出现上行性的机会感染；另一方面，手术室空气、器械病原微生物的存在及工作人员无菌观念的淡漠造成了术后感染；手术引起机体免疫力下降，宫腔组织创伤、渗血和渗液的存在、术后护理的疏忽及术后生殖道菌群的耐药性也是术后感染的重要原因。
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