新生儿大脑皮质对呼吸中枢的调节功能差，吞咽动作不协调，羊水、胎粪、乳汁等易吸入肺内。有严重消化道畸形的患儿，如先天性食管闭锁、严重兔唇裂腭等更易发生误吸。
新生儿气管短、管腔内较干燥，其纤毛清除细菌、尘埃的能力差，细菌易下行进入肺部。
新生儿肺组织的分化不够完善，肺泡数量少，肺血管相对地丰富，易充血，发生炎症。
新生儿免疫功能低下易受病原体的侵犯，如果母亲产前患感染性疾病，病原体可通过胎盘引起胎儿感染，其症状常在产后24小时以内出现。
因滞产、胎膜早破、多次阴道检查等而致的产时感染，常使胎儿发生窘迫，以致吸入污染的羊水或阴道分泌物而引起新生儿肺炎。
也可由出生后保暖不当、或曾与患呼吸道感染者接触，先发生上呼吸道感染然后向下蔓延而成为肺炎。此外，也可是败血症的一部分表现。
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