治疗首先是针对原发病变其次是惊厥。除非是表现为呼吸暂停的惊厥，通常惊厥过程中不用止痉因为一般它们是自限性的，很少危及新生儿的生命功能。
如果血糖低应给予10%葡萄糖2ml/kg静注;如果有低血钙，给予10%葡萄糖酸钙2ml/kg(含18mg/kg)(注意：给予葡萄糖酸钙的速度不能超过50mg/min，同时作连续的心脏监护)应避免渗出血管外，因为会引起皮肤腐蚀，如果有低血镁给予50%硫酸镁0.2ml/kg肌注。应用抗生素治疗感染。
在确定惊厥原因检查开始后应立即针对惊厥本身治疗。选用苯巴比妥，给予负荷量20mg/kg静注如果惊厥未停止，可每15分钟给予5mg/kg 直至惊厥停止，或最大用量40mg/kg已给予维持治疗在12小时后开始。剂量从3~4mg/(kg.d)起，根据临床反应和血清药物浓度可增加至5mg /(kg.d)。苯巴比妥必须静脉给药，特别在惊厥反复发作或长时间发作时当惊厥控制后，苯巴比妥可给予口服，苯巴比妥的有效治疗浓度为15~40g /ml(65~170mol/L)
如果需要第2种药物可用苯妥英,负荷量为20mg/kg，在新生儿唯有用静脉注射才有效，应分成2次(10mg/kg)缓慢静脉注射，以防止低血压和心律紊乱。新生儿苯妥英中毒的体征很难发现持续的高浓度将是有害的。如果能测血浓度，危险性就会减少维持量从5mg/(kg.d)开始，分2次使用，根据临床症状和血浓度进行调整苯妥英的有效治疗血浓度为10~20g/ml(40~80mol/L)。
对使用抗惊厥药的婴儿应予以密切观察药物过量可导致呼吸抑制，而呼吸骤停将比惊厥本身更危险，抗惊厥治疗必须持续至惊厥控制和以后发生惊厥的危险减少为止。
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