许多因素可以影响胎儿在子宫内的生长和发育，所导致的多数缺陷可以在出生前或出生后得到治疗。
当尿液在肾和膀胱间的流动有部分或全部阻塞时，就会发生尿路阻塞，可导致肾积水（肾的肿胀），致使肾功能丧失。这种情况在怀孕5周时即可检测到。轻度的肾盂积水在怀孕结束时可以好转，不需治疗。
怀孕期间用超声诊断。新生儿需做B超扫描以判断阻塞的程度。其他的检查有助于评价肾功能。
对于严重的病例如双肾都受影响时，可考虑手术取出胎儿。要使手术有效，必须在对肾有实质性损伤之前进行。有时出生后，也需要做手术解除阻塞。需要给予抗生素以预防泌尿系感染。
治疗尿路阻塞的最新方法是在子宫内对胎儿进行操作。把扩张器放在一个小的中空管内导管，经过母亲的腹部进入胎儿的膀胱，使尿液出。
脑积水是脑室过多的产生脑脊液及周围的引流系统阻塞所致。有时婴儿的头变得很大。早产儿是脑积水最常见的原因，由于脑内出血的机会高，可能阻碍脑脊液的吸收。脑积水也可能发生在有先天性缺陷的病例中，如脊柱裂等。有些病例是遗传性的，有时感染也可以引起脑积水。患有脑积水的胎儿在分娩时往往选择剖宫产。婴儿受影响的程度取决于致病的原因。一些婴儿可能长大后智力正常，有些婴儿可能致残。但是在出生前却无法预。
怀孕期间可通过超声诊断。出生后，测量婴儿的头围有助于诊断。早期诊断和治疗有助于预后。
出生后常常需要做手术引流脑脊液，可以把脑脊液分流至血液中，这个分流可以一生保留。也可以出生前做手术进行临时分流，出生后再做永久性分流。最近，可以开颅进行手术操作，适用于多种形式的脑积水。
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