人体内的微现生态平衡尽管如此重要，但人们却常常有意无意地破坏这种微观平衡关系。据统计，我国菌群失调症的发生率在3%左右，造成菌群失调的主要原因就是滥用抗生素。有的是医生滥用，有的是患者自己购买。长期使用抗生素，特别是广谱抗生素，会大量杀灭人体内的非致病菌群，此时一些对抗生素不敏感的致病菌就会乘机大量繁殖起来。这种致病菌增多，非致病菌减少的现象就叫菌群失调或二重感染。这种致病菌因对抗生素不敏感，
又失去了非致病菌对他们的抑制，治疗起来比较困难。过去，医生们为了把那些被抗生素杀灭的细菌重新植入病人的肠道，只好把健康人的大便用水稀释过滤后灌入病人的肠道。现在虽然有了双歧杆菌等活菌制剂，但由于活菌制剂难以长时间保存，普及推广使用还有困难。因此，重点还是防止发生菌群失调。而防止发生菌群失调的最好方法就是不要滥用抗生素。
在自然环境中，各种动物、昆虫和植物互相制约、互相依赖，共同生存，形成了一个优美的自然生态平衡环境。这种自然生态平衡关系一旦被人为地打破，就会出现各种各样的自然灾害，给人类生存造成威胁。
在我们人体的口腔、呼吸道、肠道和皮肤等处也存在着一个微观生态平衡环境。在这个微观生态平衡环境里栖息着各种各样的细菌约500多种，重量可达1千克。如果按细胞个数计算的话，人体自身细胞只占人体携带菌的10%左右。人体寄生菌最多的部位是肠道，约占全身携带菌总数的80%。因此，在健康人排出的大便中，细菌的体积约占大便体积的30%-40%。这么大数量的细菌栖息于人的肠道之中，细菌与细菌之间，细菌与人体之间是如何安然相处，长期共存的呢？
人在胎儿时期是无菌的，出生时也是无菌的，但在出生后数小时，口腔、上呼吸道、肠道等处便有细菌生长。开始，肠道内是以大肠杆菌占多数。经过1 天~2天后，双歧杆菌、拟杆菌、真杆菌和消化球菌等厌氧菌逐渐增多。
它们在肠道内抢滩占地，很快布满肠道并与肠黏膜牢固结合，形成一道细菌生物膜，使后来的细菌再无立足之地。由于这些厌氧菌在自身的代谢过程中能产生大量的乳酸和醋酸，从而抑制其他致病菌的生长。
有的细菌与致病菌争夺营养，有的细菌通过产生过氧化氢来抑制致病菌，还有的细菌能产生一种叫细菌素的物质来抑制痢疾杆菌和链球菌的生长。因此，在人的口腔、肠道、上呼吸道内虽然布满了细南，但能致病的细菌却很少。人体内这种非致病菌和致病菌的比例关系，就是人体内的微观生态平衡关系。这种平衡一旦被破坏，对人体有害的细菌数量增多，就会引起疾病。
细菌与细菌之间的关系是这样的，那么，这些非致病菌与宿主（即人体）之间是个什么样的关系呢？首先，这些厌氧菌离开人体这个环境根本无法生存，而人类如果没有了这些细菌的保护也难以存活。据报导，因菌群失调引起的假膜肠炎、败血症和肺部感染死亡率高达60%左右。所以，人类和这些非致病菌结合后，如果没有特殊情况，都是相伴终生绝不分离。这些细菌生长在人体内，除了能抑制其他致病菌
在人体内的繁殖外，还有很多益处。例如：双歧杆菌等在人体内可合成维生素B1、B2、B12、维生素K、菸酸、叶酸和尼克酸，能起到防止维生素缺乏症的作用。有些细菌还能产生消化酶来帮助消化食物，促进营养物质的吸收。
由于这些细菌的存在，可激活人体内吞噬细胞的活性，提高对致病菌的吞噬能力，并刺激淋巴细胞产生特异性和非特异性抗体，从而提髙人体的抗感染能力。近年来，我国还用动物实验方法证实双歧杆菌有抑制肿瘤发生发展的作用。临床使用双歧杆菌作为免疫賦活剂治疗癌症、白斑症和银屑病等，取得了一定疗效。
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