乙肝疫苗是用于预防乙肝的特殊药物。疫苗接种后，可刺激免疫系统产生保护性抗体，这种抗体存在于人的体液之中，乙肝病毒一旦出现，抗体会立即作用，将其清除，阻止感染，并不会伤害肝脏，从而使人体具有了预防乙肝的免疫力，从而达到预防乙肝感染的目的。接种乙肝疫苗是预防乙肝病毒感染的最有效方法。
对于母亲一方为乙肝病毒表面抗原和e抗原双阳性的新生儿最好是联合应用高效价的乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗。具体方法是新生儿采用注射2次高效价乙肝免疫球蛋白(出生后立即及出生后1个月各注射1支，每支200国际单位)及3次乙肝疫苗(每次10微克，生后2、3、5月各注射1次);也有采取出生后立即注射1支高效价乙肝免疫球蛋白，及3次乙肝疫苗(每次15微克，生后立即及1月、6月各注射1 次)，2个方案保护的成功率都在90%以上。
如果新生儿的父母均没有乙肝，该新生儿在出生后应尽快(8小时内)给予基因工程乙肝疫苗1支肌肉注射，注射部位为上臂三角肌(儿童、成人都一样)，1个月后，再打1支，6个月后再打1支，一共3针，此方案称为0、1、6方案;儿童和成人打疫苗前需先进行化验，如果乙肝三系统检查均为阴性，转氨酶正常，可以按0、1、6方案进行乙肝疫苗接种。免疫成功率为90%以上，免疫成功的标志是乙肝表面抗体转为阳性，保护时间一般为2年以上，接种者可定期复查乙肝三系统，只要表面抗体依然存在，证明免疫能力依旧。
对于母亲一方为单纯表面抗原阳性的新生儿，单用乙肝疫苗就可取得比较满意的效果，乙肝疫苗的使用方法依然是0、1、6方案，有报导认为第一针可打2支(10微克/l毫升)效果更好。
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