1、牛奶中维生素的含量不够，尤其是维他命C。
2、牛奶中的铁并不容易被小儿吸收，而导致缺铁性贫血。虽然配方奶中添加了铁，但这会增加婴儿收到感染的危险性。
3、太多钙与磷可能会造成婴儿抽搐及僵直。
4、婴儿的健康生长需要较多不饱和脂肪酸，而牛奶中含较多饱和脂肪酸，牛奶也缺乏足够的必须脂肪酸，没有足够的胆固醇供应正在成长的脑部使用，婴儿配方奶中虽然添加某些不饱和脂肪酸，但是其长链不饱和脂肪酸的分布比例不均，且不含胆固醇。
5、牛奶中所含的胺基酸组成不适合婴儿，并且不易被婴儿不成熟的肾脏排出，而且胱胺酸及氨基乙黄酸含量较少。
6、牛奶不易消化，不含分解脂肪酵素，同时大量的酪蛋白会形成乳凝块，由于不易消化，在胃部停留时间较久，所以婴儿在间隔较长的时间后才会有饥饿感饿。
7、吃牛奶的婴儿的大便较稠而硬，可能会造成便秘。
8、早期吃牛奶的婴儿会有过敏问题，如气喘、湿疹及牛奶不耐症。
9、以奶瓶喂食配方奶的婴儿容易因为吸吮未满足而过度喂食，增加肾负荷及肥胖机会。
10、吃过奶瓶的婴儿会产生拒绝乳房的情况，在几餐奶瓶的喂养后，就有可能造成母乳喂养失败。
11、生活状况较差的家庭可能无法提供足够的配方奶给婴儿吃，她们可能在奶瓶中放少量的奶粉，或寻找替代品，所以瓶喂的婴儿常有严重的营养不良。
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