有许多卵巢疾病会使卵巢的功能受到影响，使女性遭受许多痛苦，包括月经失调、痛经、不孕等。卵巢巧克力样囊肿，就属于育龄期女性的常见病，在妇科门诊经常见到。
内异症的病因目前尚不明确，可能主要与遗传及免疫因素有关
内异症患者，一级亲属的发病风险是无家族史者的7倍，可能是多基因遗传的影响。
内异症的发生和发展，也可能是患者免疫力低下、清除盆腔活性子宫内膜细胞能力减低的结果。
可能与免疫耐受有关，机体把异位子宫内膜当成自体组织而不进行清除。
目前比较公认的是经血倒流种植学说：即女性在经期时子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血倒流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和盆腔腹膜，并在该处继续生长和蔓延，形成盆腔内异症。先天性阴道闭锁或宫颈狭窄等经血潴留患者常并发内异症，说明经血倒流容易导致内膜种植。
卵巢巧克力样囊肿，是发生在卵巢上的子宫内膜异位症（内异症）。
子宫内膜组织（腺体或间质）出现在子宫体以外部位时，称为子宫内膜异位症。常见的出现部位是盆腔脏器和腹膜，其中以发生在卵巢最常见，大约80%患者累及一侧卵巢，50%患者同时波及双侧卵巢；也可以出现在身体的其他部位，如脐、膀胱、肾、输尿管、肺、胸膜、乳腺、淋巴结，甚至在手、臂、大腿等处，但很罕见。
大多位于下腹深部及直肠区域，以盆腔中部为多。
发生痛经
包括继发性痛经等不适，于月经开始出现并持续整个月经期，而且逐渐加重。
性交不适
大多见于直肠和子宫之间有异位病灶。
难以受孕
临床资料显示，不孕及内异症的患者，其不孕率高达40%，原因较为复杂。
由于卵巢内分泌功能障碍，会引起月经过多或经期延长。
一旦破裂发生突发性剧烈腹痛
囊肿内的暗黑色黏稠血液流入腹腔，可引起突发性剧烈腹痛，伴恶心、呕吐和肛门坠胀，腹部有明显的压痛及肌紧张等症状。大多发生在经期或经期前后，症状类似异位妊娠破裂。
肠道内异症
可出现腹痛、腹泻或便秘，甚至周期性少量便血等。
周期性低热
由于囊肿内陈旧性血液被吸收，出现周期性低热等症状。
有相关病史
患者有继发性痛经并进行性加重和不孕的病史。
结合妇科检查
发现子宫前后壁有触痛性结节或宫旁、附件区有不活动的囊性包块时，即可初步诊断内异症。
结合辅助检查
腹部或阴道超声、CA125测定及腹腔镜等辅助检查结果可确诊。
防止经血倒流：例如有先天性畸形造成经血潴留，均应尽早手术治疗，这是主要方法。
避免手术操作：例如人工流产等手术操作，都会造成子宫内膜异位。
经过检查后，可以根据患者的年龄、症状、病变部位和范围，以及对生育要求等情况，加以全面考虑，采取最适宜的治疗原则。
如果病变轻微，无症状或症状轻微应该按期随访。
如果经期有轻微疼痛应该给予止痛的对症治疗。
如果希望生育应该做不孕的各项检查，如输卵管通畅检查或子宫输卵管造影，使其尽早受孕。一旦妊娠，病变组织多坏死、萎缩，分娩后症状可缓解甚至完全消失。
如果你不打算怀孕
对于不打算怀孕的年轻重度患者，宜采用保留卵巢功能手术，将盆腔内病灶及子宫予以切除，保留一侧卵巢或部分卵巢；术后用性激素治疗巩固。
对于不再打算怀孕、年龄较大的重度患者，考虑采取根治性手术，将子宫、双侧附件及盆腔内所有异位子宫内膜病灶予以切除和清除。即使术后体内残留部分病灶，亦将逐渐自行萎缩、退化直至消失；对于子宫周围严重粘连无法切除子宫的患者，可仅切除双侧卵巢或双侧附件，称为去势手术。
药物治疗（性激素治疗）
主要目的是抑制雌激素合成，使异位种植的子宫内膜萎缩，或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期。对于较大的巧克力囊肿，不宜采用性激素治疗。
手术治疗
腹腔镜是目前手术治疗内异症的主要手段。
如果你还希望怀孕
有生育要求的重度患者，宜采取保留生育功能的手术，切净或破坏异位内膜病灶，保留子宫双侧或一侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。
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