接种疫苗就是医学上说的进行人工自动免疫。人工自动免疫就是接种者接种某种菌苗或疫苗(即抗原)之后，通过抗原的刺激作用，机体会自动产生免疫力，同时在血清中有相应的抗体出现。菌苗或疫苗在接种后必须要经过一定的时间才能产生抗体，抗体产生后其浓度需要维持一段时间(大约1～5年)，这时接种者的免疫力最明显，抵抗相应的疾病能力最强，随后抗体浓度逐渐下降，免疫力也逐渐降低，这个时候需要再次进行接种此种菌苗或疫苗，很容易使抗体的浓度再度升高，以提高免疫力达到菌苗、疫苗的免疫持久性。所以在完成一些菌苗或者疫苗的基础免疫时，还需要适时安排加强免疫。以巩固免疫的疗效。像乙肝疫苗、百白破三联疫苗、脊髓灰质炎减毒活疫苗糖丸、卡介苗、乙型脑炎疫苗、麻风腮三联疫苗、流感疫苗、水痘疫苗、B型流感嗜血杆菌疫苗(HIB)、轮状病毒疫苗都属于这类菌苗或疫苗。孩子接种菌苗或疫苗后，只有体内产生足够的抗体，才能达到预防疾病的目的。但是需要注意的是并不是100%的接种者都可以产生抗体，也有极少数人(大约1%～5%)即使接种了适当的预防接种后仍不产生抗体。
原因是多方面的：
1，接种者自身原因：⑴首先考虑为体内可能存在着免疫系统的某种功能障碍，造成体内无法识别此种疫苗，因此不产生免疫应答反应；或者免疫应答反应很弱。⑵3周内接种者曾使用过丙种球蛋白或胎盘球蛋白，使其免疫作用被抑制。⑶没有按时进行加强免疫接种。⑷常规剂量可能对有的人来说偏低，不能刺激抗体产生，因此需要加大剂量。⑸接种的起始年龄不对。⑹小婴儿服用减毒活疫苗要用凉开水送下，服下半小时内不能吃喂奶和热饮。
2，菌苗或疫苗原因：
⑴每种菌苗或疫苗都具有最低和最高的免疫剂量要求，如果接种的菌苗或疫苗的剂量都低于该剂量时，不能刺激机体产生相应浓度的抗体，因此也就达不到免疫的效果；相反，如果接种剂量过大，也会产生免疫麻痹。⑵菌苗或疫苗在生产过程中存在着质量问题。
3，冷藏链的问题：有一些疫苗或菌苗是减毒活疫苗或减毒活菌苗，存在着有效期短，在生产、运输和储存上需要冷藏的环境，如果中间某个环节出了问题，造成活菌苗或活疫苗死亡，那么接种后就不会产生抗体，当然也谈不到免疫的效果了。
4，检测抗体时的试剂、检测的方法出问题、以及每个医生的检验技术水平问题，也会造成检测抗体时出现阴性的情况。
5、医生的接种技术问题：⑴消毒接种部位应该由内向外螺旋式对接种部位皮肤用75%的酒精进行消毒，涂擦直径5 cm，待酒精干后再接种。严禁使用2%碘酊进行消毒，疫苗易被酒精杀灭，皮肤消毒后需待干后可注射。如果消毒的酒精没有干也会影响接种的效果。⑵接种部位和接种途径(皮下、皮内、肌内，口服)要正确，及注射部位和深度要正确。⑶加吸附剂的疫苗，注意摇匀，做到苗不离冰，活疫苗安瓿开启半小时，死疫苗开启一小时未用完应废弃。⑷如果两种疫苗需要同时接种的话，需要在不同部位，不同针管进行接种。如两种减毒活疫苗未能同时接种，应至少间隔4周再接种。
以上个各环节出现问题，就会接种失败，致使体内没有相应的抗体。
疫苗按接种程序完成后进行抗体测定十分必要的。如果经过检查机体产生了足够的保护抗体，就说明人工自动免疫是成功的。虽然已产生了足够的抗体，抗体水平也会着随时间推移而逐渐下降，要定期进行抗体测定，以确定是否有必要进行加强接种。若没有产生抗体，就需要再次按程序进行接种；如果产生的抗体较少时，就需要加强接种。
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