进食完毕后，会进入短暂的休眠状态，静待身体消化食物。[24] 它们的消化过程是相当紧张的，尤其在刚吞下体型比较大的食物之后。某些偶尔才进食一次的蛇类，进食后其肠脏会慢慢地把食物保存并转化成能量，这个过程一般都需要花费足足两天才能正式完成。作为变温动物，周边的气温对于蛇类进行消化往往构成极大的影响，而让蛇类进行消化的最佳温度是摄氏30度。一种南美响尾蛇会在其消化过程中产生强烈的代谢能量，据纪录所得这种能量会令它的体温上升至比周边温度更高出1.2度。
[25] 由于蛇类的消化过程是紧张的，所以当正处消化阶段的蛇类受到骚扰的时候，它们往往会先把食物吐出，以确保自己有足够的能力逃离危险。只要没有外在的骚扰，蛇类的消化效率会较高，因为蛇类的消化酶能溶解并吸收大部分食物;不过蛇类不可以把食物所附带的毛发及爪牙也消化掉，最后必须把这些残余物与尿酸一起排出体外。
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