当新生儿有发热，体温超过37.5℃时，或者是早产儿、难产儿，宝宝有顽固性呕吐及显著消化不良时，或者小儿有湿疹、脓疱疹、流感等疾病时就不能接种卡介苗。
一般来讲，怀孕足月健康的新生儿出生后即可接种卡介苗，因为卡介苗是一种减去毒性和致病性的牛型结核杆菌，它能刺激人体产生免疫反应，提高人体对结核杆菌的抵抗力而起到保护作用。随着接种的细菌在体内逐渐减少，免疫力会逐渐降低，因此每隔6年应重复接种一次，以保证小儿体内有足够免疫功能。当新生儿有发热，体温超过37.5℃时，或者是早产儿、难产儿，宝宝有顽固性呕吐及显著消化不良时，或者小儿有湿疹、脓疱疹、流感等疾病时就不能接种卡介苗，应待病情治愈后再打预防针。如果怀疑有先天性免疫缺陷的新生儿是不能打任何预防针的。
乙肝疫苗可阻断病毒母婴传播，对乙肝有良好的预防作用，在新生儿出生时应立即接种，以后在1个月、6个月时重复接种两次。如果母亲在怀孕后期发生急性乙型肝炎或母亲是乙肝表面抗原或e抗原携带者该怎么办呢?那在她的孩子出生时不光应注射乙肝疫苗，还应注射乙肝免疫球蛋白，才能起到保护作用。
近年来发现很多病原体可引起胎儿和新生儿疾病，如弓形虫、支原体、巨细胞病毒、呼吸道合胞病毒等，但由于发病率不高，故不做普遍的常规预防。对这些疾病的预防，可以在孩子出生前对母亲进行预防，防止胎儿感染。另外还可通过给新生儿、易感儿输注免疫球蛋白作为辅助的预防措施。各种免疫球蛋白可预防的疾病为：乙肝、百日咳、狂犬病、破伤风、水痘、带状疱疹等。
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